Il clima di Santa Cruz das Flores è oceanico mite, con inverni miti e piovosi ed estati piacevolmente calde.
La città si trova nell'isola di Flores, la più a nord-ovest delle isole Azzorre (insieme all'isoletta di Corvo), a 39 ° di latitudine nord. La cima più alta dell'isola è il Morro Alto, di 914 metri.
La temperatura media del mese più freddo (febbraio) è di 14,1 °C, quella del mese più caldo (agosto) è di 22,8 °C. Il record del freddo (del periodo 1971/2000) è di 2,1 °C, il record del caldo è di 30 °C. Ecco le temperature medie.

Le precipitazioni ammontano a 1.665 mm all'anno: sono dunque abbondanti. Nel mese meno piovoso (luglio) cadono 60 mm di pioggia, nel più piovoso (dicembre) ne cadono 225. Ecco le precipitazioni medie.

In media, si contano circa 1.390 ore di sole all'anno. Il sole si fa dunque vedere poco. Ecco la media delle ore di sole al giorno.

La temperatura del mare oscilla tra 16 °C e 23 °C. Il mare non è mai molto caldo, però è abbastanza caldo per fare il bagno da luglio a settembre. Ecco le temperature medie del mare.

Quando andare

Il periodo migliore per visitare Flores va da giugno ad agosto, essendo il più caldo ma soprattutto il meno piovoso dell'anno. A maggio si può andare, ma le giornate fresche e piovose sono più frequenti.
Anche in estate conviene portare una felpa, e magari una giacca leggera per la sera.