Il clima di Nagasaki, città giapponese situata sulla costa ovest di Kyushu, la più meridionale tra le grandi isole giapponesi, è temperato umido, con inverni abbastanza miti, ed estati calde, afose e piovose. Come il resto del Giappone la città risente della circolazione monsonica: in inverno prevalgono le correnti fredde da nord-ovest, mentre in estate prevalgono le correnti calde e umide di origine tropicale.
La città si trova ad una latitudine bassa (siamo al 32° parallelo), ma abbastanza vicino al continente asiatico da ricevere in inverno masse d'aria fredda, capaci di abbassare la temperatura.
In inverno il cielo è spesso nuvoloso, come accade in genere nel versante occidentale giapponese; vi sono periodi abbastanza miti, con massime al di sopra dei 10 °C, che si alternano a periodi freddi, con vento e pioggia, massime intorno ai 5/7 gradi o anche meno, e possibili cadute di nevischio o neve. Le nevicate comunque sono in genere leggere, come anche le gelate notturne.
Le estati sono calde e umide; vi possono essere periodi di bel tempo, con massime sui 35 °C, notti tropicali e umidità dell'aria elevata, ma anche periodi di maltempo, dovuti al monsone estivo. Agosto è il mese più caldo, sia per l'inerzia termica del mare, sia per la minore frequenza dei periodi di maltempo.
Ecco le temperature medie.
Temperature medie - Nagasaki

Nagasaki	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Nagasaki	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Min (°C)	4	4	7	12	16	20	24	25	22	16	11	6
Max (°C)	10	12	15	20	24	26	30	32	29	24	18	13

Le piogge sono abbondanti, dato che ammontano a 1.850 millimetri all'anno; l'inverno è la stagione più secca, ma solo come quantità; i mesi più piovosi sono giugno e luglio, cioè il primo periodo della stagione delle piogge (detto del Baiu), che nel sud del Giappone si fa sentire in maniera particolare, soprattutto nella costa occidentale dove si trova Nagasaki: a volte le piogge possono essere torrenziali. Nel sud-ovest del Giappone l'autunno è una stagione discreta, e già ad ottobre in genere non piove molto.
Ecco le precipitazioni medie.
Precipitazioni medie - Nagasaki

Nagasaki	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic	Anno
Nagasaki	G	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D	A
Prec. (mm)	65	85	130	150	180	315	315	195	190	85	85	60	1860
Giorni	11	10	12	11	11	14	12	10	10	6	9	10	125

Da giugno a ottobre (ma soprattutto da agosto all'inizio di ottobre), Nagasaki può essere colpita dai tifoni, i cicloni tropicali del sud-est asiatico.
La fioritura dei ciliegi a Nagasaki avviene intorno al 31 marzo.
Il soleggiamento a Nagasaki non è mai ottimo, comunque si notano due massimi relativi, uno in primavera (aprile-maggio), e uno ad agosto, dopo le piogge del Baiu. Anche ad ottobre, dopo le piogge estive, il soleggiamento aumenta un po'.
Soleggiamento - Nagasaki

Nagasaki	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Nagasaki	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Sole (ore)	3	4	5	6	6	5	6	7	6	6	5	4

Il mare a Nagasaki in inverno è freddo, ma non impossibile per i più audaci; è sufficientemente caldo per fare i bagni (con una temperatura uguale o superiore ai 23 gradi) da giugno a novembre, e diventa piacevolmente caldo ad agosto e settembre.
Temperatura del mare - Nagasaki

Nagasaki	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Nagasaki	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Mare (°C)	18	17	18	19	21	23	26	28	27	25	23	20