Il clima di Guaymas è sub-tropicale desertico, con un inverno piacevolmente caldo da dicembre a febbraio, e una estate calda da aprile a ottobre, all'interno della quale c'è un periodo afoso e relativamente piovoso da luglio a ottobre.
La città si trova nello stato di Sonora, sulla costa del Golfo di California (o mare di Cortés), al 27 ° parallelo, a sud di Hermosillo. Nelle notti più fredde dell'inverno la temperatura può scendere fino a 6/7 °C, ma in un alcuni anni anche a 2/3 °C, mentre di giorno rimangono miti.
In genere le temperature più elevate, anche più di 40 °C, si verificano a giugno, ma poi a luglio e agosto l'umidità aumenta e il caldo diventa opprimente. Spesso le temperature minime rimangono sui 30 °C.
Da giugno a novembre, ma con una probabilità più elevata da agosto a ottobre, Guaymas può essere colpita dagli uragani del Pacifico, che in genere arrivano indeboliti, ma a volte possono portare piogge abbondanti, come accadde con l'uragano Jimena nel settembre 2009. Inoltre, a giugno gli uragani sono rari, il mese in cui sono più frequenti è settembre, e storicamente a novembre non si sono mai verificati.
La temperatura media del mese più freddo (gennaio) è di 17,6 °C, quella del mese più caldo (agosto) è di 32 °C. Ecco le temperature medie.

Le precipitazioni ammontano a 220 mm all'anno: sono dunque scarse. Nei mesi meno piovosi (aprile, maggio, giugno) cadono 0 mm di pioggia, nel più piovoso (agosto) ne cadono 70. Le piogge da luglio a settembre sono dovute all'aria umida che risale dal Golfo di California, e a volte dai resti dei cicloni tropicali che possono raggiungere la zona. Ecco le precipitazioni medie.

In media, si contano circa 2.900 ore di sole all'anno. Ecco la media delle ore di sole al giorno.

La temperatura del mare oscilla tra 18 °C e 30,5 °C. Il mare è abbastanza freddo da dicembre ad aprile, mentre diventa molto caldo da giugno ad ottobre. Ecco le temperature medie del mare.

Quando andare

Si può visitare Guaymas da metà novembre a marzo, dato che è il periodo meno caldo. Di giorno ci si può godere il sole, mentre di sera ci sarà bisogno di un maglione e di una giacca.
Per una vacanza al mare, si può andare da metà aprile a metà maggio e nella prima metà di novembre.