Il clima di Puerto Morelos è tropicale, caldo tutto l'anno, con una stagione afosa e piovosa da maggio a ottobre, e una stagione più fresca e relativamente più secca da novembre ad aprile. Tuttavia anche in questa stagione sono possibili delle piogge, oltre al vento e al passaggio di corpi nuvolosi, soprattutto a dicembre e gennaio.
La città si trova sulla costa dello Yucatan, 30 km a sud di Cancún.
L'inverno è in genere caldo, ma a volte, da metà novembre a metà marzo, ci possono essere giornate fresche e ventose, quando soffia il vento dagli Stati Uniti (el norte). La temperatura può scendere fino a 10/12 °C di notte, e può rimanere sui 20/22 °C di giorno.
Da giugno a novembre (ma con una maggiore probabilità da agosto a ottobre), vi è il rischio degli uragani.
La temperatura media del mese più freddo (gennaio) è di 23,2 °C, quella del mese più caldo (agosto) è di 28,2 °C. Ecco le temperature medie.

Le precipitazioni ammontano a 1.220 mm all'anno: sono dunque abbastanza abbondanti. Nel mese meno piovoso (marzo) cadono 40 mm di pioggia, nei più piovosi (settembre, ottobre) ne cadono 185. Ecco le precipitazioni medie.

La temperatura del mare oscilla tra 26 °C e 29 °C. E' dunque abbastanza elevata per fare il bagno tutto l'anno. Ecco le temperature medie del mare.

Quando andare

periodo migliore per visitare Puerto Morelos va da metà marzo a fine maggio, essendo un periodo caldo, relativamente secco e con un buon soleggiamento. Ad aprile comincia a farsi sentire un po' di afa, e a maggio si manifestano i primi temporali. In inverno, da dicembre a metà marzo, si può benissimo trovare una settimana calda e soleggiata, ma in altre occasioni possono esserci per qualche giorno vento, nubi e qualche pioggia. Fino a marzo, quando può arrivare il norte, può fare fresco di notte, per cui conviene portare una felpa per la sera.