Il clima di Beja è mediterraneo, con inverni miti e abbastanza piovosi, ed estati calde e soleggiate.
La città si trova nel sud-est del Portogallo, a 245 metri di quota. In estate è spesso la città più calda del Paese. In un anno si registrano 80 giorni con più di 30 °C. Da giugno a settembre si possono toccare e superare i 40 °C. Il record del freddo (del periodo 1971/2000) è di -3,2 °C, il record del caldo è di 45,2 °C.
La temperatura media del mese più freddo (gennaio) è di 9,6 °C, quella del mese più caldo (agosto) è di 24,3 °C. Ecco le temperature medie.

Le precipitazioni ammontano a 570 mm all'anno: sono dunque ad un livello intermedio. Nei mesi meno piovosi (luglio, agosto) cadono 5 mm di pioggia, nel più piovoso (dicembre) ne cadono 100. Ecco le precipitazioni medie.

In media, si contano circa 2.970 ore di sole all'anno: dunque, il soleggiamento è molto buono. Ecco la media delle ore di sole al giorno.

Quando andare

I periodi migliori per visitare Beja sono le stagioni intermedie, vale a dire da metà aprile a metà giugno e da settembre a inizio ottobre. A giugno il tempo è spesso ottimo, ma qualche volta può fare molto caldo, soprattutto nella seconda metà del mese.
In estate, quando fa troppo caldo si può fuggire al mare. Il mare è sempre fresco per fare il bagno, ma la temperatura dell'aria è in genere piacevole, e a volte persino fresca, soprattutto sulla costa ovest (v. Sines).