Nel Bhutan il clima è influenzato dall'altitudine: è subtropicale in pianura, e diventa progressivamente più freddo man mano che si sale sui pendii dell'Himalaya. Inoltre, è influenzato dal monsone estivo, che porta piogge e nuvolosità diffusa per quasi sei mesi all'anno, ma soprattutto da giugno a fine settembre.

Nella sottilissima fascia pianeggiante meridionale, in città come Gelephu e Phuentsholing, il clima è subtropicale, con un inverno molto mite (le minime della notte sono intorno ai 10 gradi a gennaio, e le massime intorno ai 23/24 °C), una primavera calda da marzo a maggio, con temporali pomeridiani sempre più frequenti, una stagione monsonica da giugno a metà ottobre, con piogge abbondanti, talora torrenziali, esaltate dalla vicinanza con il rilievo, in cui domina un caldo afoso. Qualche volta in inverno di notte può fare freddo, mentre ad aprile e maggio a volte si possono toccare i 40 gradi. Il totale delle precipitazioni annue può superare i 3.000 millimetri. Qui il periodo migliore va da novembre a febbraio.
Ecco le temperature medie di Gelephu.
Temperature medie - Gelephu

Gelephu	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Gelephu	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Min (°C)	10	12	15	20	22	24	25	25	24	21	15	11
Max (°C)	23	25	29	32	32	31	31	31	31	30	27	25

Nelle zone collinari e montuose fino a 1.500 metri, il clima diventa progressivamente più mite, con inverni relativamente freddi e secchi, ed estati calde e piovose, che ricevono piogge monsoniche nel versante meridionale, mentre in alcune valli interne le piogge estive, seppur presenti, diventano meno intense. Ad esempio a Punakha, a 1.300 metri, si passa da circa 11 gradi di media a gennaio a 24 °C a luglio: dunque l'estate è calda e afosa nonostante la quota.
Temperature medie - Punakha

Punakha	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Punakha	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Min (°C)	5	8	11	14	17	20	20	20	20	16	10	6
Max (°C)	17	19	22	25	27	29	28	28	27	26	23	20

Al di sopra dei 2.000 metri, l'inverno comincia ad essere freddo, con notti sottozero. Nella capitale Thimphu, che si trova in una valle ad un'altitudine variabile tra i 2.200 e i 2.600 metri, la temperatura media passa da circa 5 gradi di gennaio ai 20 °C del periodo giugno-agosto. L'inverno è in genere secco e soleggiato, ma ogni tanto può cadere la neve. In estate le piogge monsoniche sono abbondanti, tanto che in un anno cadono 1.400 millimetri di pioggia, di cui più di 250 mm al mese da giugno ad agosto, e ben 370 mm a luglio. Clima simile nella non lontana Paro.
Temperature medie - Thimphu

Thimphu	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Thimphu	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Min (°C)	-3	1	4	7	13	15	15	16	15	10	5	-1
Max (°C)	12	14	16	20	23	24	25	25	23	22	18	15

In alcune valli interne come in quella di Jakar, a 2.500 metri, il monsone penetra con più difficoltà, tanto che le precipitazioni annue sono più ridotte, e si fermano a 750 millimetri l'anno, ma sempre con un minimo invernale e un massimo estivo.
Al di sopra dei 2.800 metri la temperatura di gennaio scende a zero gradi, mentre cominciano ad essere fredde anche le notti estive.
I ghiacciai e i nevai iniziano a quote elevate, al di sopra dei 5.000 metri. Nelle aree più settentrionali le piogge estive non sono molto abbondanti, ma il cielo in estate è spesso nuvoloso e si formano delle nebbie, o meglio delle nubi a ridosso delle montagne.
La cima più elevata del Bhutan è il Gangkhar Puensum, alto 7.752 metri.



Il sole in Bhutan brilla regolarmente in inverno, mentre nel periodo monsonico non brilla molto spesso. Ecco la media delle ore di sole al giorno a Thimphu.
Soleggiamento - Thimphu

Thimphu	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Thimphu	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Sole (ore)	8	8	8	8	7	6	5	5	6	8	8	8

Il Bhutan è troppo lontano dal mare per essere colpito direttamente dai cicloni tropicali, tuttavia i resti dei cicloni che interessano il Bangladesh, possono determinare delle forti piogge in pianura, e delle nevicate in montagna, come è accaduto nel maggio 2009 con il ciclone Aila.
In genere i cicloni si verificano da metà aprile a inizio dicembre, con una maggiore probabilità a maggio-giugno e ottobre-novembre.


I periodi migliori per visitare la parte montuosa del Bhutan sono le stagioni intermedie, e in particolare marzo e aprile, e da metà ottobre a metà novembre. Nel periodo estivo le piogge possono rendere fangose le strade e rendere difficili gli spostamenti, inoltre le nubi possono oscurare le cime montuose. In inverno il tempo è in genere buono ma rigido in montagna, e comunque non sono escluse nevicate alle alte quote, che possono bloccare alcuni passi.


In inverno: per la pianura, vestiti di mezza stagione, leggeri per il giorno, una giacca e un maglione per la sera. Per Punakha e intorno ai 1.500 metri, vestiti di mezza stagione per il giorno, caldi per la sera, giubbotto, berretto, sciarpa, occhiali da sole, crema solare. Per Thimphu e sopra i 2.000 metri, vestiti caldi per la sera, ma di giorno può essere sufficiente un pile e una giacca leggera; scarpe da trekking. Alle quote più elevate, vestiti per il grande freddo, biancheria intima calda, calzamaglia, giacca calda, guanti, berretto, sciarpa.
In estate: per la pianura, vestiti leggerissimi, in fibra naturale, impermeabile leggero o ombrello. Per Punakha, vestiti leggeri, una felpa per la sera, impermeabile o ombrello. Per Thimphu e sopra i 2.000 metri, vestiti di mezza stagione, leggeri per il giorno, maglione e giacca per la sera. Alle quote più alte, giacca calda, piumino, berretto, guanti, sciarpa. Per i pernottamenti all'aperto, sacco a pelo, giacca calda.