Il clima di Mayotte è tropicale, con una stagione calda, umida e piovosa da dicembre ad aprile, quando prevale il monsone di nord-ovest, e una stagione relativamente fresca, secca e soleggiata da giugno ad ottobre, quando prevalgono gli alisei di sud-est, con maggio e novembre come mesi di transizione.
Mayotte è un arcipelago costituito da due isole principali, Grande-Terre (o Maore), e Petite-Terre (o Pamanzi), e da alcuni isolotti più piccoli; l'arcipelago appartiene alla Francia, e si trova sull'Oceano Indiano, a quasi 13° di latitudine sud.
La temperatura media oscilla tra i 27 gradi del periodo più caldo (gennaio-aprile), ai 23/24 °C di quello meno caldo (giugno-settembre). Da giugno a settembre la temperatura non supera mai i 32 gradi, mentre da novembre a marzo qualche volta può toccare i 34/35 gradi, ma è soprattutto l'umidità a rendere il caldo fastidioso in questo periodo.
Ecco le temperature medie nell'isola principale.
Temperature medie - Mayotte

Mayotte	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Mayotte	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Min (°C)	24	24	24	24	23	22	21	21	21	22	23	24
Max (°C)	30	30	30	30	28	27	26	26	28	29	31	31

Il totale annuo delle piogge è moderato, e ammonta a 1.200 millimetri nella piccola isola di Pamanzi e a 1.400 millimetri nell'isola principale, di cui più di 100 mm al mese da dicembre ad aprile; il mese più piovoso è gennaio, quando le piogge sono decisamente abbondanti.
Ecco le precipitazioni medie.
Precipitazioni medie - Mayotte

Mayotte	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic	Anno
Mayotte	G	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D	A
Prec. (mm)	310	245	190	125	70	35	40	30	30	65	90	185	1425
Giorni	19	16	16	11	6	5	4	4	4	6	9	15	115

Durante il periodo piovoso, il soleggiamento è comunque discreto, perché le piogge tropicali si presentano soprattutto sotto forma di rovesci o temporali, che possono essere intensi ma non durano molto. Comunque, il periodo più soleggiato è quello secco invernale, come si può vedere nella seguente tabella.
Soleggiamento - Mayotte

Mayotte	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Mayotte	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Sole (ore)	6	6	7	8	9	8	9	9	9	8	8	7

Durante il periodo secco, è comunque possibile che si presenti qualche breve rovescio, soprattutto all'interno dell'isola principale, dove si trova qualche rilievo, peraltro di modesta entità (il punto più alto è il monte Benara, alto 600 metri); inoltre l'arcipelago è protetto dal Madagascar, che dista appena 300 chilometri a sud-est.



La temperatura del mare a Mayotte è sempre abbastanza elevata per fare i bagni, tanto che oscilla tra i 26 gradi del periodo luglio-settembre, e i 29 °C del periodo gennaio-aprile.
Temperatura del mare - Mayotte

Mayotte	Gen	Feb	Mar	Apr	Mag	Giu	Lug	Ago	Set	Ott	Nov	Dic
Mayotte	J	F	M	A	M	G	L	A	S	O	N	D
Mare (°C)	29	29	29	29	28	27	26	26	26	27	28	28

Mayotte si trova nella traiettoria dei cicloni tropicali, che si sviluppano da novembre a metà maggio, ma più frequentemente da fine dicembre a metà aprile.


Il periodo migliore per visitare Mayotte e fare vita da spiaggia va da giugno ad ottobre: la temperatura è calda ma piacevole, il soleggiamento buono e le piogge rare.


In inverno (giugno-agosto): vestiti leggeri, una felpa per la sera, un foulard per la brezza; per la barriera corallina, attrezzatura per snorkeling, scarpe acquatiche o con suola in gomma.
In estate (dicembre-febbraio): vestiti leggeri e in fibra naturale, una felpa leggera per la sera, impermeabile leggero o ombrello.